一、个人简介

男，1964年1月出生，教授。

主要经历：

1979-1984，中国科学技术大学，获理学学士学位

1984-1987，上海有机化学研究所，获理学硕士士学位

1987-1995，吉林大学分子生物系，讲师，副教授/教授

1998-2004，MERCK，资深信息科学家

2004-2025，美国国立健康研究所，资深信息科学家

2026-至今，江南大学生命科学与健康工程学院，特聘教授

二、研究领域

基础药物发现算法研究并构建相应的计算系统。主要方向：1. 用机器学习和实验数据构建经验性的大分子立场；2. 用蒙特卡罗模型方法,模拟生物大分子的运动；3. 利用数学、计算和深度学习算法,产生和设计新的药用蛋白质；4. 用LLM研究和构建系统生物通路；5.主要利用深度学习方法、蒙特卡罗模型和SVM模型，从预期疗效和ADMET特性出发，直接生成具有这些特性的化合物。

三、荣誉奖励

1. 中华人民共和国教育部科学技术奖，1999年。

2. Science Award at GSK 葛兰素史克公司科学奖，2007年。

3. National Center for Translational Sciences Awards 美国国立卫生研究院院长奖，Rockville,MD，2019年（2项）、2018年、2016年、2014年、2012年。

四、学术成果

（一）代表性项目

1. 用之于小分子配体进行多目标优化“逆向药物设计”（RDD）系统。RDD主要融合了深度学习、蒙特卡洛模拟及支持向量机（SVM）等技术——能够直接生成同时具备理想药效与ADMET特性的化合物。

2. 20个预测ADMET性质的高质量机器学习模型，其构建基于高质量的定量高通量筛选（qHTS）数据及体内实验数据。

3. 分子诊断与设计软件系统，该系统不仅能够对数百万种化合物的ADMET性质进行预测，还能支持新型化合物的优化与设计。

4. 设计并构建了四个大型的LIMS应用系统，专门用于数据分析、存储与检索。首个系统专用于定量高通量筛选数据，目前已成为NIH（美国国立卫生研究院）的关键基础设施。第二个系统专用于DMPK（药物代谢动力学）数据，目前正在NIH处于常态化且活跃的使用状态。第三个系统专用于RNA测序（RNA-Seq）数据，目前同样在NIH处于常态化且活跃的使用状态。第四个系统专用于药物组合数据，该系统未来有望应用于复方药物的研究。

5. “随机成本”（Random Cost）的新型全局优化算法，并成功将其应用于解决真菌基因组计划中的主要物理图谱构建难题。在该算法问世之前，学界公认的真正意义上的全局优化算法仅有“模拟退火”（Simulated Annealing）一种。相较而言，模拟退火算法更适用于处理以浮点数形式描述的问题，而“随机成本”算法则更适用于处理以整数形式描述的问题.

6. 用于对蛋白质折叠力场或蛋白质诱饵结构进行测试与评估的方法学。提出利用紧凑且呈类天然构象的非天然结构作为“诱饵结构”来检验力场。

（二）代表性论文

1. Tarikul I. Milon a, Yuhong Wang b, Ryan L. Fontenot a, Poorya Khajouie a c, Francois Villinger d, Vijay Raghavan c, Wu Xu. Development of a novel representation of drug 3D structures and enhancement of the TSR-based method for probing drug and target interactions. Computational Biology and Chemistry, 108117, Vol 112 (2024).

2. Yuhong Wang, Sam Michael, Ruili Huang, Jinghua Zhao, Katlin Recabo, Danielle Bougie, Qiang Shu, Paul Shinn, Hongmao Sun. Retro Drug Design: From Target Properties to Molecular Structures. J. Chem. Inf. Model. 2022, 62, 11, 2659–2669.

3. Hongmao Sun, Yuhong Wang, Catherine Z. Chen, Miao Xu, Hui Guo, Misha Itkin, Wei Zheng, Min Shen. Identification of SARS-CoV-2 viral entry inhibitors using machine learning and cell-based pseudotyped particle assay. Bioorganic & Medicinal Chemistry. Vol 38, page 116119 (2021).

4. Hongmao Sun, Yuhong Wang, Dorian Cheff, Matthew Hall, Min Shen. Predictive Models For Estimating Cytotoxicity On The Basis Of Chemical Structures. Bioorganic & Medicinal Chemistry, doi: 10.1016/j.bmc.2020.115422 (2020).

5. Huang R, Gerishagin I, Wang Yuhong, Zhao T, Greene J, Obenauer, JC, Ngan D, Nguyen T, Guha R, Jadhav A, Southall, N, Simeonov A, and Austin C. The NCATS BioPlanet - An Integrated Platform for Exploring the Universe of Cellular Signaling Pathways for Toxicology, Systems Biology, and Chemical Genomics. Front Pharmaco, doi: 10.3389/fphar.2019.00445 (2019).

6. Yuhong Wang, Wei Li, Hongmao Sun, and Kennie Cruz-Gutierrez. Protein contact map prediction using bi-directional recurrent neural network, arXiv.org, 1906.04527 (2019).

7. Hongmao Sun, Paranava Shah, Kimloan Nguyen, Kyeong Ri Yu, Ed Kerns, Md Karbir, Yuhong Wang, Xin Xu. Predictive models of aqueous solubility of organic compounds built on A large dataset of high integrity. Bioorganic & Medicinal Chemistry, Vol 27, Issue 14, 3110-3114(2019).

8. Tong Z, Huang R, Wang Yuhong, Klumpp-Thomas C, Braisted J, Itkin Z, Shinn P, Xia M, Simeonov A, Gerhold D. The Toxmatrix: Chemo-Genomic Profiling Identifies Interactions That Reveal Mechanisms of Toxicity. Chem. Res. Toxicol. doi: 10.1021/acs.chemrestox.7b00290 (2017).

9. Yuhong Wang, Junzhou Huang, Wei Li, Sheng Wang & Chuanfan Ding. Specic and intrinsic sequence patterns extracted by deep learning from intra-protein binding and non-binding peptide fragments. Scientific Reports, 14916(2017).

10. Sun, H., Huang, R., Xia, M., Shahane, S., Southall, N. and Wang, Y. (2016), Prediction of hERG Liability – Using SVM Classification, Bootstrapping and Jackknifing. Molecular Informatics. doi:10.1002/minf.201600126.

11. Wang, Yuhong., and Huang, R. (2016) Correction of Microplate Data from High Throughput Screening, In High-Throughput Screening Assays in Toxicology (Zhu, H., and Xia, M., Eds.), Humana Press, New York.

12. R. Huang, N. Southall, Y. Wang, A. Yasgar, P. Shinn, A. Jadhav, D.-T. Nguyen, C. P. Austin, The NCGC Pharmaceutical Collection: A Comprehensive Resource of Clinically Approved Drugs Enabling Repurposing and Chemical Genomics. Sci. Transl. Med. 3, 80ps16 (2011).

13. Wang YH, Jadhav A, Southal N, Huang RL, Nguyen Dac-T, A Grid Algorithm for High Throughput Fitting of Dose-Response Curve Data, Current Chemical Genomics, 2010, Volume 4, 61.

14. Liu Y, Wang YH, Folander K, Xie GC, Blevins R. An interactive tool for extracting exons and SNP from genomic sequence: isolation of HCN1 and HCN3 ion channel genes. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 1(3), （2003）: 433-445.

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20. Wang YH and Arnold J, ODS_BOOTSTRAP: assessing the statistical reliability of physical maps by bootstrap resampling , CABIOS, Vol. 10, No. 6, (1994) 625-634.

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25. Wang YH, Lu ZB, Qiu A ,Li W,Testing protein folding potential function using simulated annealing. Journal of Molecular Science (Shanghai), Vol. 11, No. 1-2, (1995).

五、联系方式

通讯地址：江苏省无锡市蠡湖大道1800号江南大学生命科学与健康工程学院

邮编：214122

邮箱：yuhong.wang@jiangnan.edu.cn

【以上资料更新日期】：2026年5月